化学化工实验教学中心的运行模式主要采用集中、统一、开放式的管理方式。在组织结构上，实验教学中心设有中心主任、副主任等多个职位。为确保实验室的高效运行，学院对中心提供了必要的人力、财力、物力支持，保障中心环境和条件的不断更新，良性运转。学校每年下拨实验运行经费和维修维护经费，根据实验教学计划和维护维修计划支配费用，为中心的正常运转，确保教学、科研和人才培养等方面发挥了重要的作用。
在仪器设备管理方面，中心实行固定资产的统一管理、统一调配，大型仪器资源充分共享。教学用仪器向科研开放服务，科研用仪器向教学开放服务，实现了教学和科研之间的良性互动和资源共享，从而大大提高了仪器的使用效率。
在维护维修方面，实行仪器设备维修和维护负责人制，由实验室技术人员负责教学仪器设备的维修和维护工作；建立专任实验员负责管理制度，责任落实到人；建立实验员与教师交接班制度，以保证正常教学实验的开展；保修期外的仪器设备实行集中维修与分散维修相结合的方式；根据说明书的要求，定期对仪器进行保养；当实验仪器出现故障或发生损坏时，应立即停止使用并进行修理。